Días después del asesinato, la Policía capturó en El Palmito, Sucre, a Juan Camilo Ortiz, alias el “Loco”, señalado de ser el autor material del homicidio. A pesar de que el proceso judicial está en etapa preparatoria, la audiencia ha sido aplazada en tres ocasiones por petición del abogado defensor, Javier Villarriaga, quien argumenta que hay negligencia por parte de la Fiscalía en el descubrimiento probatorio. Recientemente el caso fue trasladado a una fiscalía especializada de la dirección de Derechos Humanos.
Varias hipótesis se han planteado alrededor del asesinato de la periodista. Una de ellas está relacionada con los cuestionamientos que hizo Núñez contra un Juez de Timaná por concederle la detención domiciliaria a Juan Camilo Ortiz, acusado de atentar contra la vida de la zootecnista Julieth Marcela Henao en noviembre de 2013. Tampoco se puede desconocer que semanas antes del homicidio a la periodista le robaron su teléfono celular e ingresaron a sus cuentas de redes sociales para obtener información sobre sus investigaciones.
Debido a la falta de celeridad en el proceso judicial, el crimen aún continúa en la impunidad. La galería fotográfica que se presenta a continuación es un homenaje a la memoria de Flor Alba Núñez, quien durante más de ocho años arriesgó su vida por denunciar delitos y hechos de corrupción que se cometían en Pitalito.
