Durante el proceso estuvieron detenidos Juan Pablo Ortiz y Edilberto Sierra Ayala, como sospechosos de ser los autores materiales del homicidio. Sin embargo, en marzo de 2004 fueron absueltos al considerarse que se trató de un montaje hecho por terceros.
Durante la investigación, varios testigos señalaron a las AUC como responsables del hecho. Uno de ellos – un jefe paramilitar desmovilizado – aseguró que Carlos Castaño señaló a Garzón como objetivo militar. Castaño fue condenado a 38 años de prisión como autor intelectual del asesinato. Sin embargo, circulan versiones contradictorias sobre su muerte o su salida a otro país.
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La FLIP envía un mensaje de solidaridad a la familia, amigos y compañeros de Jaime Garzón en el séptimo aniversario de su asesinato. Como lo ha manifestado en otros pronunciamientos, la FLIP ve con preocupación la impunidad que impera en los casos de periodistas asesinados en Colombia. La justicia es la premisa fundamental para la prevención y protección del ejercicio de la libertad de prensa en Colombia.
