Los dos periodistas viajaron a los municipios de Mapiripán, San José del Guaviare y Puerto Alvira investigando el caso de unas personas desaparecidas en esa región. El viernes 8 de agosto llegaron al municipio de Puerto Alvira donde fueron secuestrados por unos milicianos de las FARC (alias Ufa y Gonzalo). Según afirmaciones de la periodista Bedoya, los guerrilleros les dijeron que no habían solicitado permiso para entrar en la zona y que no podían irse hasta que el comandante "Camilo" llegara. Los retuvieron en un hotel del pueblo y les quitaron sus equipos.
Durante el fin de semana sus compañeros de prensa en Bogotá y Villavicencio intentaron comunicarse con ellos pero sólo hasta el martes 12 de agosto las FARC les permitió tener contacto por radioteléfono con El Tiempo Bogotá. Los periodistas fueron puestos en libertad el miércoles 13 de agosto.
La Flip preguntó en varias ocasiones al diario El Tiempo si el secuestro se había confirmado pero obtuvo como respuesta que eran fallas en las comunicaciones, pues en esa área son precarias. No obstante, luego de la liberación de los periodistas, el periódico manifestó haberse abstenido de dar información para no poner en riesgo a sus reporteros. Según información de la periodista Bedoya, la historia saldrá próximamente en el periódico.
A Jineth Bedoya se le amparó con medidas cautelares de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos en junio de 2000. Para dar cumplimiento a las mismas, el Programa de Protección del Ministerio del Interior le asignó un escolta como medida de protección pero la periodista afirma que desde hace más de un año el DAS retiró el escolta sin explicación alguna.
